臨床病理和病理科研工作是密不可分的，同時，病理科研工作也有著自己的特點。
細胞計數(shù)
    病理圖像分析系統(tǒng)的應(yīng)用，使得區(qū)域內(nèi)細胞的絕對數(shù)和單位面積的細胞密度的計算成為一項簡單的工作。
免疫組化計算
    研究表明應(yīng)用圖像分析技術(shù)對細胞核DNA含量進行定量分析，能較好地反映病理圖像與DNA倍體分析，結(jié)果與流式細胞儀測定結(jié)果非常接近。亦有學(xué)者用計算機圖像處理技術(shù)，對痰涂片中巴氏染色的角化性鱗癌細胞（KSCC）、非角化性鱗癌細胞（N KSCC）和腺癌細胞（ACC）胞漿進行了色度學(xué)定量分析，結(jié)果KSCC的紅、綠、藍色值顯著高于N KSCC和ACC，且差值較大，而灰度在各組間的差值則較小，KSCC與N KSCC，KSCC和ACC的色度差值較大，差異較為顯著，KSCC、N KSCC、ACC三組間飽和度差異顯著，KSCC明顯高于N KSCC和ACC，從而認為紅、綠、藍色值、色度、飽和度等描述圖像色彩指標在KSCC和N KSCC、KSCC與ACC的漸變中有重要價值，其分辨的敏感程度由于灰度圖像分析。免疫組化染色經(jīng)DAB顯色后陽性細胞呈棕色，再經(jīng)過蘇木素復(fù)染，將著一定的藍色，這會在一定程度上影響對染色的判定。采用對媒體彩色圖像分析系統(tǒng)進行定量分析，分別測定紅、綠、藍三種顏色的色值，可用來區(qū)分細胞對不同顏色的著色程度，并可通過三基色色值或計算色度、飽和度、灰度來對細胞呈現(xiàn)的色彩進行定量描述。本研究結(jié)果顯示，對同一組織類型、同是免疫組化染色陽性的肺癌細胞，一些反映著色色彩的指標在不同分化程度之間確實存在著差別，這種差別單純應(yīng)用定性指標或形態(tài)學(xué)指標無法充分顯示，圖像分析技術(shù)則可彌補這一不足。
    以前，對于免疫組化中強陽性、中陽性、弱陽性的計算是不可能的，現(xiàn)在，病理圖像分析系統(tǒng)的應(yīng)用，是的這份工作變得十分輕松，對于科研工作中的比較有著重大意義。病理圖像分析系統(tǒng)的應(yīng)用，極大地豐富了病理科研工作的方法，使得病理工作人員的思路開闊了許多，使得一些原來不可能的工作如：腺體形態(tài)計算、DNA計算、AGNOR計算變得簡單起來。